있으면 분진같은건 많이 없어집니다.
하지만 수조의 크기나 측면 여과기의 와트 수에 따라 별 필요없기도 합니다.

세부적으로 질문하면 좀 더 낫겠죠.. ^^

어항이 2자에요,.60*40*50 측면여과기는 와트수는 잘 모르겠고 밑으로 스폰지 두칸 달려있는건데 길이가 한 40센티 되는거 같네요..

외부여과기를 사용할 목적이 여과보충 이시면 같이 놓으시구요
미관상의 목적이시라면 측면여과기를 빼시구요~
키우시는 애들이 물살을 싫어사면 측면을 빼시고
똥을 마니싸거나 분진이 많으시면 같이 두시고요~ ㅎㅎ
전기세 및 소음 상관없으시면 같이 두시구요~
저라면 이렇게 하겠심니더 ㅎㅎ

그 크기의 수조면 소형외부여과기나 에하임2217이 사용가능합니다.
보통 3-4자크기 외부여과기 사용했다가 파도침니다.. ㅡㅡ;

여과방식도 어종이나 수조의 크기에 맞게 사용하시는것이 좋습니다.

외부여과기를 구입하고자 마음 먹으셨다면... 
그만한 어항이라면 이왕 구하는거 3-4자용 외부여과기(30와트급) 구입을 적극 추천합니다.^^
작은 사이즈 구입하면 제 경우에는 여과력이 아쉽더군요... 
3-4자용 쓰신다면 측면은 외부달고 2-3주 후에 빼버리면 될것 같습니다.
물살이 과하다 싶다면 레인바 물줄기를 유리벽으로 비스듬히 쏴주는 쪽으로 셋팅하면 충분할것 같습니다.
단, 여과재도 너무 저렴한걸로 말고 적당한걸로 알아보셔야 할것 같습니다... P.M정도나 벌크형 세라믹여과재등이 가격대비 괜찮을듯 하네요.
물론 중고로 구할수 있으면 더더욱 좋고요.^^
장터에서 중고구입을 권합니다.

3-4용 외부여과기를 그 사이즈에 수조 사용하신다면... 
수초에 관심이 많으신것 같은데 특히 바닥재 소일이라면 유리쪽을 향하셔도 100% 늘 희뿌연 물을 감상하실겁니다. 
후경수초 다 날라갑니다. 
(예전에 몇 몇 분들 외부여과기 달고 물안잡힌다고 점검해 달라고 했는데 원인은 쎈물살로 인한 미세분진이 원인이였습니다. ) 

전에 구피같은 작은 어종키우신다고 한것 같은데 그런 수조라면 더우기 난감합니다. 쎈물살에 꼬리 다 망가집니다. 
앞으로를 생각하신다면 지훈님이 말씀하신 3-4자용이 좋겠지만 현재 그 사이즈의 수조에는 3-4용을 개인적으로 비추합니다. 주변에 외부여과기 사용하시는 분 있으면 빌려서 꼭 테스트해보시고 구입하세요. 

2자에 외부여과기 달면...측면은 빼셔도 됩니다.
3자 이상이고...어종이 중형종 이상이거나 먹이 급여를 많이 하신다면...
측면을 달면 외부 여과기 청소 주기가 길어지겠죠...
외부 여과기의 용량과 수초인지...고기만 기르냐에 따라 얘기는 틀려집니다...

좋은 답변 모두 감사드립니다.~ 어항을 깨끗하게 해보고도 싶고,,측면 떼고 외부어항 한개로 가야겠네요..근데 왜 이렇게 중고 외부여과기 구하기가 힘든지 원~^^